Во случајот за злоупотреба на службената должност, Марковиќ беше обвинета дека ја поттикнала, Живка Цица Кнежевиќ, која во тоа време била секретар на Владата на Србија и член на Комисијата на Владата за доделување на станови, да ѝ додели стан на Илона Пешиќ, дадилка на внукот на Марковиќ.
Во обвинението се наведува дека Марковиќ ѝ рекла на Кнежевиќ, оти Пешиќ ќе почне да работи во претседателската резиденција во која живеело семејството Милошевиќ, и дека е потребно да се реши нејзиниот станбен проблем. Тогаш Кнежевиќ му наложила на свој колега, да подготви одлука за доделување на стан во Белград, на име Илона Пешиќ.
Еден и пол месец подоцна, Пешиќ го купила станот по цена пониска од пазарната вредност, а неговото реновирање, го платила Владата на Србија.
Вишиот суд во Белград, во јуни 2018 година, ја прогласи Марковиќ за виновна и ја осуди на една година затвор.
Оваа одлука, во март 2019 година, ја поништи Апелацискиот суд на Србија, кој образложи дека жалбата на одбраната на Мирјана Mарковиќ, во која се наведува дека не е јасно зошто Вишиот суд не применил застара во овој предмет, е разумна.
Истрага за шверц на цигари
Кога во март 2003 година започна судењето, Марковиќ не се појави пред судот, поради што беше одлучено, да ѝ се суди во отсуство.
Центарот за истражувачко новинарство на Србија (ЦИНС), објави дека неколку пати судскиот процес бил враќан на почеток, а обвинението неколку пати менувано.
Бидејќи Марковиќ не се појави на судењето, судот ѝ одреди мерка притвор, а по неа беше распишана потерница. Сепак, таа никогаш не се најде во притвор.
Нејзиниот сопруг, Милошевиќ, почина на 11 март 2006 година, во притвор во Холандија, додека му се судеше пред Меѓународниот кривичен трибунал за поранешна Југославија (МКТЈ) за воени злосторства. Тој беше погребан една недела подоцна, во Пожаревац.
Тогаш, Марковиќ, за да може да влезе во Србија, плати кауција од 15.000 евра, во замена за повлекување на налогот за нејзино апсење.
Но, таа не се појави на погребот на својот сопруг, ниту, пак, на закажаното судско рочиште, кое се одржа нешто подоцна истиот месец, поради што потерницата беше реактивирана, а парите депонирани за кауција, беа пренасочени во правосудниот буџет на Србија.
На барање на српскиот специјален обвинител за организиран криминал, посебниот оддел за организиран криминал на Вишиот суд во Белград, започна уште една истрага против Марковиќ, во јуни 2007 година.
Овој пат, таа и нејзиниот син Марко, кој, исто така, избега во Русија, заедно со уште седум други лица, беа осомничени дека учествувале во профитабилен бизнис со шверц на цигари, од 1996 до 2001 година.
Во одлуката за отпочнување на истрагата, стои дека Марковиќ и нејзиниот син организирале криминална група, користејќи ги „својата моќ и општествено влијание”, како сопруга и син на претседателот.
Тие беа осомничени дека ја користеле компанијата „Треф Рент а кар”, која наводно легално увезувала цигари, со користење на лажна документација, во која била наведена погрешна цена на стоката, нелегално да увезат цигари, кои потоа ги продавале по повисоки цени, без да плаќаат даноци, а разликата ја присвојувале.
Цигарите, исто така, биле шверцувани и под лажен изговор, дека превезуваат мебел од Бугарија до Унгарија.
Истражителите објавија дека Марковиќ, кога нејзиниот син Марко ќе ја информирал дека нивните камиони се во близина на југословенската граница, ќе го повикала Михаљ Кертез, директор на Сојузната царинска управа, и ќе побарала камионите да ја поминат границата без задржување и без спроведување на редовните царински постапки.
Кертез, заедно со Марковиќ, беше обвинет и во случајот на незаконска распределба на државните станови, но беше ослободен од обвиненијата, како и во случајот со шверц на цигари.
Во меѓувреме, истрагата за Мирјана Марковиќ и нејзиниот син, беше ставена на чекање, бидејќи тие повеќе не беа во Србија, и никогаш повторно не беше покрената.
Политички убиства
Додека Милошевиќ беше на власт, во Србија се случија неколку политички убиства. Името на Мирјана Марковиќ се поврзува со две од нив, иако во ниту еден од овие случаи, таа не беше обвинета. Се работи за убиствата на опозицискиот новинар, Славко Ќурувија, и на поранешниот српски претседател, Иван Стамболиќ.
Ќурувија беше застрелан пред зградата во која живееше, на 11 април 1999 година, за време на бомбардирањето на НАТО на Југославија, кое имаше за цел да ги принуди силите на Милошевиќ, да стават крај на воената кампања против косовските Албанци.
Вишиот суд во Белград, на почетокот на овој месец, во првостепена постапка, осуди четворица поранешни припадници на Државната безбедност на Србија, за убиство на Ќурувија, кој беше познат како противник на режимот на Милошевиќ. Сепак, останува непознато, кој го наредил ова убиство.
Непосредно пред убиството, Ќурувија, како што сведочеше неговата ќерка Јелена на судењето, имал голема расправија со Марковиќ.
„ По нивниот разговор, нивните односи се влошија, бидејќи тој рече дека она што го прават тие (Милошевиќ и Марковиќ) за државата, не е добро и додаде дека за тоа ќе висат на Теразија (централната улица во Белград)”, изјави на судењето, Јелена Ќурувија.
Неколку дена пред атентатот, „Политика Експрес” објави текст под наслов „Ќурувија ги дочека бомбите”, во кој се сугерира дека тој го поддржува бомбардирањето на НАТО.
Еден од адвокатите на семејството Ќурувија, изјави оти текстот во „Политика Експрес“, во кој овој новинар се карактеризира како предавник, е објавен по налог на директорот на новинската групација, Драган Хаџи Антиќ, близок пријател на Марковиќ.
Таа никогаш не беше сослушана во случајот Ќурувија, иако некои весници пишуваа дека била спомната во предистражната постапка.
Иван Стамболиќ, поранешен пријател на Милошевиќ и на Марковиќ, кој во меѓувреме стана критичар на политиката на власта, исчезна додека џогираше, во август 2000 година, еден месец пред претседателските избори во Југославија. Неговото тело беше пронајдено во 2003 година. Тој беше застрелан со огнено оружје.
За ова убиство, во 2007 година, за виновни беа прогласени шест лица, припадници на Службата за државна безбедност на Србија и на единицата за специјални операции. Тие беа осудени на вкупно 205 години затвор. Во пресудата се вели дека атентатот го наредил Милошевиќ.
Марковиќ, во овој случај, не беше спомната, но обвинителот ја спомна во завршните зборови: „Режимот воспоставил неколку структурни нивоа, кои ги сочинуваа таканаречените судски интелектуалци, економската мафија, тајната и друга полиција, војската, владејачките партии, заедно со, Слободан Милошевиќ, и неговата сопруга, Мирјана Марковиќ, како центар на мрежата и персонификација на тој систем“, изјавил обвинителот, објави списанието „Време”.
Со нејзината смрт, деталите за нејзиното можно учество во некое од овие убиства, можеби никогаш нема да бидат откриени.
